El Cañón de Rio Lobos constituye uno de los mas bellos ejemplos de desfiladero calizo de nuestro país. Tiene una longitud aproximada de l4 kilómetros y su inicio se encuentra en el limite de Burgos y Soria. El Rio Lobos, de curso sinuoso y tranquilo discurre entre las escarpadas paredes del Cañón. que llegan a alcanzar los 40 metros de altura. En la época seca, el río se sume, apareciendo de nuevo a la altura del puente de los Siete Ojos. Son frecuentes las torcas y dolinas, así como las fuentes y manantiales. En el corazón dei Cañón se encuentra la ermita de San Bartolomé, antiguamente llamada de San Juan de Otero, que fue construida por los caballeros templarios a mediados del siglo XII. La formación vegetal mas típica de Rio Lobos es el sabinar, que ocupa su parte baja y las riberas y aparece acompañado de matorral de tomillo real, espliego v aulaga. Tambien hay ejemplares dispersos de encina y bosques de pino laricio. Junto al curso fluvial se levantan álamos, sauces. alisos, chopos y carrizos, y las aguas están cubiertas por ranúnculos a nenúfares.

Las especies de mas valor del Parque son las rupícolas: buitre leonado. alimoche. halcón peregrino, águila real, águila perdicera, buho real y chova piquirroja. Mamíferos como tejón, gato montés, corzo y nutria. La especie piscícola mas abundante es la trucha.