En la Rioja Baja el río Ebro origina un amplio valle fruto de la acción del río en el que la corriente fluvial surca una extensa llanura aluvial lo suficientemente ancha como para poder acomodar sus meandros, que se suceden uno tras otro para dar lugar a un trazado sinuoso. En ambas márgenes, y al amparo de los meandros del río, se van sucediendo los sotos: Sotos de la Nava, el Hormiguero, el Estajao y Máquinas en la margen derecha y en la izquierda los de Morales, soto Grande de Alfaro, de la Duquesa y del Tamarigal.

La vegetación más representativa de la Reserva, que tan solo se conserva en algunos enclaves, es un denso bosque de ribera formado por caducifolios mediterráneos, altamente productivo, fuertemente estructurado y rico en especies como sauces, álamos, chopos, alisos, fresnos u olmos. En el entorno fluvial coexisten comunidades vegetales muy dinámicas como respuesta a las frecuentes variaciones temporales y espaciales asociadas fundamentalmente a tres factores: incidencia de las crecidas, nivel de la capa freática y granulometría del sustrato.

La comunidad de vertebrados que albergan los sotos fluviales de Alfaro presenta gran originalidad y riqueza de especies en relación con el resto de los ecosistemas de la zona. Se han contabilizado 13 peces, 20 anfibios y reptiles, 172 especies de aves y 28 de mamíferos, de las cuales las siguientes se consideran como las más relevantes:Pez fraile o blenio de río, Cacho o Bagre Galápago europeo,galápago leproso ( Mauremys leprosa )
Garzas y cigüeñas: avetorillo, Martinete, Garcilla bueyera, Garza real , Garza imperial, y cigüeña blanca, que vienen a alimentarse o a descansar en sus orillas. Visón europeo. Rapaces como águila calzada o milano negro, que sobrevuelan los sotos buscando alimento y anidan en las copas de los árboles más viejos, picídos pico picapinos, pico menor , pito real, ruiseñor , mito, curruca ,mirlo , pájaro moscón